Genetic diversity of Rhizophora mucronata on the western coast of Timor Island
Keywords:
Polymorphism, Mangrove, Rhizophora mucronata., Timor Island, East Nusa TenggaraAbstract
The mangroveRhizophoramucronatathat grows on the western coast of Timor Island is undertreated by various anthropogenic activities, such as logging for firewood and other household needs, which require a strategy for sustainable development. Information on the genetic diversity of the species is important to plan for coastal management and conservation of the mangrove. Therefore, we conducted a study on mangrove genetic diversityon the western coast of Timor Island. Mangrove leaf samples were collected from 10 locations. Samples underwent DNA isolation and random amplified polymorphic DNA testing using six primers. The R. mucronatapopulation formed three main groups and 12 subgroups with a similarity coefficient value of 0.42, and the genetic proximity among populations is not related to geographical distance. Further analysis suggested that the genetic diversity of R. mucronataon Timor Island can be classified as moderate. The highest degree of genetic diversity was found in Sumlili (Ne = 2.999, Na = 11.167, He = 0.667), whereas the lowest genetic diversity was found in Sulamu (Ne = 2.967, Na = 11.833, He = 0.663). The environmental stress and dry climate condition might be a factor in the genetic diversity of the mangrove at the moderate level.
References
Arisetianingsih. R. E. D.. Totok. A. D. H.. dan Prakoso. B. 2010. Keragaman Genetik Kedelai Berdasarkan Pola Pita DNA Hasil RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Agrin. 14 (1): 37-43.
Bagindo. M. 2011. Keragaman Aksesi Pinang (Areca catechu L.) Asal Papua. Sulawesi Utara. dan Sumatera Utara berdasarkan Karakter Morfologi dan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Skripsi. Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Ernawati dan A. Majid. 2013. Studi Vegetasi Mangrove di Zona Intertidal Desa Oebelo Kecamatan Kupang Tengah Kabupaten Kupang. Jurnal Biologi dan Kesehatan. 1 (2); 34 – 40.
Finkeldey. R. 2005 An Introduction To Tropical Forest Genetics. Institute Of Forest Genetics And Forest Tree Breeding Georg-August-Univerity-Gottingen.
Haig. S.M.. 1998. Molecular contributions to conservation. Ecology 79. 413-425.
Haryjanto. L.. Prastyono. dan Charomaini. Z. 2015. Variasi Genetik Pertumbuhan Nyawai (Ficus variegata Blume) pada Umur 2 Tahun. Jurnal WASIAN. 2 (1): 47-54.
Haymer. D.S. 1994. Random Amplified Polymorphic DNAs and Microsatellites: What Are They. and Can They Tell Us Anything We Don't Already Know?. Annals of the Entomological Society of America. Volume 87. Issue 6; 717–722.https://doi.org/10.1093/aesa/87.6.717
Julisaniah. N. I.. Sulistyowati. L.. dan Sugiharto. A. N. 2008. Analisis Kekerabatan Mentimun (Cucumis sativus L.) Menggunakan Metode RAPD-PCR dan Isozim. Biodiversitas 9 (2): 99-102.
Karron. J.D.. 1987. A Comparison of levels of genetic polymorphisms and self-compatibility in geographically restricted and widespread plants congeners. Evol. Ecol. 1. 47-58.
Koda. S.H. 2013. Partisipasi Masyarakat Pesisir dalam Pelestarian Ekosistem Mangrove di Desa Nunkurus Teluk Kupang. Jurnal Biologi dan Kesehatan. 1 (2); 8 – 17.
Anonyme. 2014. Partisipasi Masyarakat Pesisir dalam Pelestarian Ekosistem Mangrove di Desa Bipolo Teluk Kupang. Jurnal Biologi dan Kesehatan. 1 (3); 41 – 50.
Langga. I. F.. Restu. M.. dan Kuswinanti. T. 2012. Optimalisasi Suhu dan Lama Inkubasi dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex covassus Reinw) Serta Analisis Keragaman Genetik dengan Teknik RAPD-PCR. Jurnal Sains & Teknologi. 12 (3): 265-276.
Nei. M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press. New York.
Noor. Y.R.. Khazali R dan Suryadiputra I.N.N. 2006. Panduan Pengenalan Mangrove di Indonesia (Cetakan Kedua). Wetlands International-Indonesian Programme (PHKA/WI-IP). Bogor.
Nurkamila. U. S.. dan Pharmawati. M. 2014. Ekstraksi DNA dari Herbarium Anggrek. Jurnal Simbiosis.2 (1): 135-146.
Pharmawati. M. 2009. Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi. 13(1): 12-16.
Poerba. Y. S. dan Martanti. D. 2008. Keragaman Genetik berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume di Jawa. Biodiversitas. 9 (4): 245-249.
Poerba. Y. S.. Wawo. A. H.. dan Yulita. K. S. 2007. Keragaman Fenotipe RAPD Santalum album L. Di Pulau Timor Bagian Timur. Berita Biologi. 8 (6): 537-546.
Prahaditya. D. 2013. Analisis Keragaman Genetika Tanaman Kunyit dan Temulawak Secara Random Amplified Polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction (RAPD-PCR) Menggunakan Primer OPA-OPD 6-10. Skripsi. Departemen Biokimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Pratiwi. P. 2012. Analisis Variasi Genetik Beberapa Populasi Globba leucantha Miq. di Sumatera Barat dengan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Tesis tidak diterbitkan. Porgram Pascasarjana Universitas Andalas. Padang.
Primack. R.B. 1993. Essentials of Conservation Biology; Sinauer Associates: Sunderland. MA. USA.
Reed. D.H.. and Frankham. R. 2003. Correlation between fitness and genetic diversity. Cons. Biol. 17. 230–237.
Riyantini. I.. Yuniar. M.. Mochamad. U.K.A. 2014. Hubungan Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis Mangrove di Pulau Panjarangan. Ujung Kulon Provinsi Banten. Jurnal Akuatika. 5 (1) : 63-70.
Rusydi. Ihwan. dan Suaedin. 2015. Struktur dan Kepadatan Vegetasi Mangrove di Teluk Kupang. Jurnal Segara. Vol. 11 (2); 147 – 157.
Rusydi. 2010. Studi Keanekaragaman dan Kelimpahan Jenis Mangrove di Pantai Paradiso Kota Kupang. Jurnal Madani Universitas Muhammadiyah Kupang. Edisi Februari.
Sahao. P.. Jena. S.. Mohanty and Bandhu. D. A. 2007. The molecular phylogenetic relationship among four species of the mangrove tree genus Bruguiera (Rhizophoeraciae). as revealed by chromosome and RAPD markersREV. Biol. Trop. 55(2) : 437-448.
Sambrook. J. and D. W. Russel. 2001. Molecular Cloning (A Laboratory Manual). Volume 1. Third Edition. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sinaga. A. O. Y.. Putri. L. A. P.. dan Siregar. L. A. M. 2015. Analisis Keragaman Genetik Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) Sumatera Utara Menggunakan Marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Jurnal Online Agroekoteknologi. 3 (1): 350-358.
Uslan dan Pharmawati. M. 2015. Optimasi Konsentrasi DNA dan MgCl2 pada Reaksi Polymerase Chain Reaction-Random Amplified Polymorphic DNA untuk Analisis Keragaman Genetik Tanaman Faloak (Sterculia quadrifida R.Br). Jurnal Bioslogos. 5(1) : 26-34.
Uslan. 2015. Analisis Keragaman Genetik Tumbuhan Faloak (Sterculia qudrifida R.Br) yang Tumbuh di Kota dan Kabupaten Kupang Nusa Tenggara Timur Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphyc DNA). Tesis. Program Pascasarjana Universitas Udayana. Denpasar.
Wijayanto. T.. Boer. D.. dan Ente. L. 2013. Hubungan Kekerabatan Aksesi Pisang Kepok (Musa paradisiaca Formatypica) di Kabupaten Muna berdasarkan Karakter Morfologi dan Penanda RAPD. Jurnal Agroteknos. 3 (3): 163-170.
Yahyah. 1997. Studi Hutan Mangrove di Pulau Pasir Menifo Kecamatan Amarasi Kabupaten Kupang – NTT. Majalah Ilmiah KOPERTIS Wilayah VIII Edisi 19 tahun ke-9.
Yulita. K. S. dan Naiola. B. P. 2013. Keragaman Genetik Beberapa Aksesi Jagung dari Nusa Tenggara Timur Berdasarkan Profil Inter Short Sequence Repeat (ISSR). Jurnal Biologi Indonesia. 9 (2): 255-264.
